贝克曼库尔特 | CLD数据处理神器来了!

  • 来源:贝克曼库尔特商贸(中国)有限公司
  • 时间: 2022/5/30
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    细胞系开发的样本数据要求: 
    –整理来自不同的分析仪器的数据和处理不同文件格式 
    –在不同的孔板和孔之间跟踪 
    –数据能长时间保存和快速查找调用
     
    使用Biomek工作站CLD整合系统配合三大软件(Biomek,SAMI 和DART)帮您轻松完成数据处理。
    细胞株开发现面临巨大工作量的数据挑战。与任何筛选过程一样,样本通量带来了数据量的挑战。当使用多种分析工具以不同格式生成不同类型的数据时,这就变得更加具有挑战性。而且现在很多筛选要求多个方面的综合结果来确定Hit Picking,因此其工作流要求必须使用这些hits的数据追踪。在整个过程中,必须对数据进行追踪,以确保进入生产的任何细胞株都有必要的历史数据(例如单克隆性的证明),并且为了报告需要,所有的数据需要随时快速被找到。
     
    解决容易出错的数据格式问题
    在Microsoft Excel中复制和调整数据也是上是一个容易出错的过程 ,特别是当试图关联来自不同分析器的数据时。例如, 我们使用CloneSelect Imager来对细胞单克隆性和生长测定,按行显示报告结果(A1, A2, A3…图1)。相反,我们使Octet HTX对IgG按列进行滴度测定(A1, B1, C1,…,图1)。如果有人试图在Microsoft excel中按名称重新排序八位数据,则井仍然与CloneSelect数据不一致(A1, A10, A11…,图1)。而自动化软件能很快处理该问题,完成统一数据格式调整和编辑。
     
     
    DART数据库能储存和自动检索数据
    对于细胞株开发过程,当我们在ClonePix 2设备上的半固态培养基上测定克隆特性时,首先产生了有意义的数据。在挑选过程中,ClonePix 2识别出的最初特征,如菌落大小和外部荧光(抗体分泌的标志)链接到带条形码目的板和孔中。当扫描条形码时,这些数据可以自动导入Biomek软件。然后,作为液体转移步骤的一部分,Biomek软件会自动移动数据,因此数据可以随着样本移动而并行移动(图2A)。同时,数据也可以存储在DART数据库中,未来任何时候扫描孔板条码时,相应的数据都会被自动检索出来。DART提供了不同时间交互的方法之间的链接(图2B)—— 在诸如cell line开发这样的长时间工作流程中,这是一个关键组件。
     
     
     
    自动关联样本数据
    为了进一步说明细胞株开发工作流程中的数据挑战,我们将描述长达数月的过程中的一天,并描述如何通过自动化数据软件工具克服这些挑战。通过有限稀释和识别单克隆孔进行细胞株铺板三周后,data移动并用于以下步骤(图3):
     
     
    在细胞株开发的整个过程中,这些步骤都是重复的,这些步骤包括将检测数据与样品孔连接,将来自多个分析仪的数据关联起来,使用数据来驱动数据采集,并将所有数据提前以供追溯。此外,储存所有潜在细胞株的数据是必要的,因为很多细胞株在后期会由于基因组不稳定或其他不需要的属性而退出,而且不可能知道最终会选择哪些细胞株用于细胞株库。
     
    快速浏览和数据可视化
    为自动运行存储和利用数据只是问题的一部分。您还必须能够在需要时轻松地访问数据,DART数据库可以通过多种方便的方式访问。为了以用户友好的方式进行快速可视化,DART数据浏览器(图4A)可以在Chrome浏览器中突出显示方法、耗材和孔层面的数据。不仅可以远程查看这些数据,还可以在运行期间刷新这些数据以使用实时数据进行更新。为了以可用的形式导出数据,可以使用DART报告生成器在Excel中生成报告,使用一个简单的界面来选择要包含在给定报告中的数据。所有这些都可以在不借助IT资源的情况下完成——这是一些大型数据管理系统的常见需求。
     
     
     
    对于像细胞株开发这样长达数月的工作流程,数据丢失或错误的风险更大,因此,确保数据完整性的工具至关重要。Biomek和DART软件通过使数据完整性过程自动化且易于获取,可以为细胞株开发过程提供真正的价值。
     
    *以上内容涉及设备仅适用于科研和工业,不用于临床诊断。
     

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