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代谢组学原始数据如何上传?看这条就够了!

来源: 上海阿趣生物科技有限公司   2022-7-5   访问量:3320评论(0)

代谢组学原始数据如何上传呢?当然是专业的事情交给专业的伙伴来共同推进啦~Metabolights数据库可以帮助大家完成数据上传,也是很多期刊推荐的代谢组学数据资料库。今天小趣就和大家分享如何将数据上传到Metabolights。

数据库网址:https://www.ebi.ac.uk/metabolights/


打开上面的网站后,具体操作步骤如下:

1.创建账号

2.邮箱激活账号

3.登录账号

准备工作都已做好,下面就开始正式上传数据喽~

4.创建文件

  • 点击“submit study”创建文件
  • 点击“create online”
  • 点击“create new study”创建新研究
  • 点击“Let's get started”开始
  • 先选择“Yes,I would...”后点击“Next”下一步
  • 点击“next”之后,文件就创建成功喽

5.页面配置

页面猛然间跳入“study description”,在页面中对应位置填写keywords、title、summary等信息。话说“字不如表,表不如图”,详细步骤如图所示哦~

接下来页面转入“sample&assay details”

6.数据上传

前期的信息准备小小的告一段落,整体上看数据上传分为以下7个内容根据实际情况,进行逐一填写信息即可啦!

第一部分:填写descriptors中的关键词和factors(如剂量)等根据实际情况填写。

第二部分:填写Protocols方法信息,包括样本收集、提取、色谱方法、质谱方法、数据转换、代谢物鉴定方法,请根据实际情况填写,示例如下:

第三部分:填写samples信息,根据实际情况增加样本,包括样本名称、物种、样本类型等信息,示例如下。如样本较多,可将表格下载填写后,重新上传,可节省时间,减少错误。

第四部分:填写Assays信息,如果是POS和NEG模式都采集了,一定记得需要独立建立两个assay。根据实际情况填写仪器类型、仪器型号、数据采集极性、scan range(在我司做的非靶代谢一般是70-1050Da)。

第五部分:填写Metabolities信息,强烈建议大家下载表格后填写后,重新上传。表格需要填写的内容可以参考我司提供定性结果的mean表格。PS:里面信息很全哦~

第六部分:填写files信息,这部分信息很重要哦——上传原始数据文件。files内的文件包含了几乎前面全部的文件,可以在这个位置下载表格填写后,和原始数据一同上传数据。

这里选择更方便“Aspera Upload”上传方式

插件安装页面弹出,按提示点击即可,安装IBM小插件,安装之后选择文件即可上传数据啦。

第七部分:这部分不需要填入信息啦,查缺补漏。如有错误按照提示进行修改,没有错误提示后,就可以提交请后台进行审核了,将“Submitted”或者“In Curation”,之后点击“OK”可以静待佳音啦。

如果遇到我们解决不了的问题,可以直接联系后台,后台邮箱:metabolights-help@ebi.ac.uk

请对方帮助解决,下图为例:

总而言之,上传数据没有想象中那么复杂,勇士们,勇往直前哦!



上海阿趣生物科技有限公司   商家主页

地址:嘉定区新培路51号焦点梦想园5层
联系人:高小姐
电话:400-664-9912
传真:
Email:marketing@biotree.cn

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